1949年3月18日，华北人民政府农业部成立“华北机械农垦管理处”，负责接管敌伪土地和筹建新农场的工作。

1949年9月6日，经华北人民政府批准，撤销“华北机械农垦管理处”，成立“平郊农垦管理局”。

1949年9月27日，“平郊农垦管理局”改为“京郊农垦管理局”。

1949年11月1日，“京郊农垦管理局”改名为“京郊农场管理局”，移交中央农业部领导。

1964年4月23日，更名为北京市国营农场局。

1979年3月21，更名为“北京市长城农工商联合企业”，同时挂“北京市国营农场管理局”牌子。

1983年3月20日，更名为北京市农工商联合总公司。

2002年10月16日，北京三元集团有限责任公司正式挂牌。

2009年4月，经北京市人民政府批准，北京市国有资产监督管理委员会决定，以北京三元集团有限责任公司为主体，吸收重组北京华都集团有限责任公司和北京市大发畜产公司，成立北京首都农业集团有限公司。5月16日，北京首都农业集团正式挂牌。